Eine interessante Fragestellung, ist mir so auch schon mal aufgefallen. Im Grunde sprichst du ja zwei Punkte an, die aber offensichtlich auch etwas miteinander zu tun haben.
Es ist einfacher bestimmte Geschichten zu gestalten, wenn die Eltern keine große Rolle spielen, weil so nebensächliche Konflikte gemieden werden und sich die Handlung besser auf die Hauptstory konzentrieren kann.
Um mal ein Beispiel zu nennen: In Tetsuwan Birdy Decode teilt sich der Hauptprotagonist - ein ganz gewöhnlicher Schüler - den Körper mit einer Außerirdischen, wobei sich das Aussehen ihrer Körper auch ständig ändert. Da er jedoch alleine wohnt, weil seine Eltern kurzfristig aufgrund der Arbeit seines Vaters umgezogen sind, kommt es mit diesen zu keinen Konflikten. Das ist erstens einfacher, da nicht ständig dumme Ausreden erdacht werden müssen und zweitens spart das Zeit und die sowieso schon voll gepackte Geschichte kann sich auf andere Dinge konzentrieren. Ein anderes nicht ganz passendes Beispiel: Stellt euch vor, wenn Hideki aus Chobits noch bei seinen Eltern wohnen würde, als er Chi findet.
Tote Eltern können aus ähnlichen Gründen tot sein (-.-''). In irgendwelchen Fantasygeschichten ist es nämlich deutlich unwahrscheinlicher, dass jemand aus Jobgründen nicht mit seiner Familie lebt. Allerdings können die toten Eltern bzw. eher das "Waise-Sein" auch ein sehr gutes Mittel zur Dramatik darstellen. Für viele Kinder und auch jugendliche ist es die schlimmste Vorstellung, dass die Eltern irgendwann tot sein werden oder plötzlich an z.B. einem Unfall sterben, daher ist das eine Dramatik, die auch von Kindern gut Begriffen wird.
Warum aber überhaupt jugendliche als Protagonisten? Wer hat sich noch nicht gefragt, warum es ausgerechnet 14 jährige sein sollen, die die EVAs steuern? Da spielen einmal auf jeden Fall die von Ikuhara und Ninjavogel genannten Gründe rein. Andererseits denke ich, dass die Psyche von Jugendlichen noch nicht so gefestigt - oder sollte man sagen verhärtet? - ist wie von Erwachsenen. Kinder nehmen Dinge viel offener auf und können sich in jede mögliche Richtung entwickeln. Bei Erwachsenen dagegen ist diese Entwicklung meist schon vorbei. Was die Charakterentwicklung angeht bieten Kinder und Jugendliche meiner Meinung nach daher deutlich spannendere Möglichkeiten. Allerdings soll gesagt sein, dass es sehr wohl Mangas und Animes gibt, die gerade ältere Menschen zum Thema haben. Ein gutes Beispiel dafür wären die Mangas von Jiro Taniguchi (Die Sicht de Dinge, Vertraute Fremde, usw. einfach mal googlen).
Klar schaue auch ich "echte" Filme mit erwachsenen Hauptdarstellern, aber meine Animes sind mir hundert mal lieber. Außerdem gibt es kaum Filme oder Serien, die eine ordentliche Charakterentwicklung bieten, weil dafür meist nicht genügend Zeit vorhanden ist. Das ist für mich eine der größten Schwächen des "echten" Films gegenüber des Animes.